- Sabališkės
- Sala
- Santaika
- Sapatiškės
- Šarkiškiai
- Saukėnai
- Saulėnai
- Savilionys
- Savilionys
- Seimeniškiai
- Silgionys
- Silvanava
- Šipultiškės
- Šiugždai
- Šiukščiakalnis
- Skabeikiai
- Skernė
- Skirgailiai
- Skituriai
- Skraičionys
- Slabadėlė
- Slavinčiškės
- Spernia
- Staniava
- Stanuliškės
- Statkiškės
- Strazdinė
- Stražiškės
- Strielčiai
- Strimina