- Stare Marzy
- Stążki
- Stwolno Niemieckie
- Stwolno Polskie
- Sulnówko
- Sulnowo
- Świekatowo
- Święte
- Sąsieczno
- Siciny
- Siemoń
- Silno
- Skąpe
- Skłudzewo
- Skłudzewo-Borek
- Skrzypkowo
- Sławkowo
- Smogorzewiec
- Smolno
- Stajeczynki
- Stanisławowo-Poczałkowo
- Stary Toruń
- Steklinek
- Świerczynki
- Świerczyny
- Szembekowo
- Szkleniec
- Śliwiczki
- Słupy
- Stare Suminy